8月16日下午，衛生部尹力副部長在舟曲災區現場考察指導醫療服務和衛生防疫工作後，又到舟曲縣婦幼保健站、疾病預防控制中心和衛生監督所詳細了解了醫療衛生機構受損情況，要求當地衛生部門做好因災損失情況評估，科學編制恢復重建規劃。

    16日晚，尹力主持召開了現場衛生防疫工作會議。在聽取相關方面工作彙報後，尹力強調，一定要持續做好災區公共衛生風險評估，結合實際情況不斷完善衛生防疫工作方案，重點加強傳染病預防控制、食品飲水衛生保障和病媒生物防制，科學開展環境消殺滅工作，嚴防傳染病暴發流行和突發公共衛生事件發生。

    中國疾病預防控制中心緊急向災區調運了食品衛生、水質以及霍亂等傳染病的快速檢測設備和試劑共7箱，甘肅省衛生廳緊急採購了100萬元的病原微生物檢測設備，均于17日抵達災區投入使用，有效保障了災區的食品、飲水和病原微生物檢測工作。甘肅省衛生廳組織成立督查組，對災區分成23個片區開展了消殺滅工作的檢查指導，確保消殺工作科學規範、不留死角。目前，災區已設立3個疫苗接種點，開展預防接種工作，並根據災區傳染病疫情防控需要，于8月16日下午啟動了6歲以下兒童甲肝疫苗應急接種工作。衛生部防疫專家組對災區4個大量積水地的蚊幼蟲進行了採樣檢測，並根據檢測評估結果提出了蚊蟲控制措施建議，指導災區衛生部門做好病媒生物防制工作。

    截至8月17日16時，累計救治傷員2321人，其中死亡1人，現住院治療72人，治愈出院50人，醫療隊和門診治療2198人。災區醫療服務點累計診治病人5067人次。災區累計開展心理援助1530人次，消殺滅面積238.25萬平方米，消毒水源121點次，檢測食品和飲用水175份，監督檢查餐飲單位40家，發放防病宣傳材料13.08萬份。災區無重大傳染病疫情和突發公共衛生事件報告。

    目前共有34支532名軍地醫療衛生救援隊員在災區開展工作。