“十一五”時期，圍繞推進基本公共服務均等化和主體功能區建設，財政部門不斷完善轉移支付制度，加快形成統一規範透明的財政轉移支付制度。

    完善均衡性轉移支付辦法。按照十七大提出的“提高一般性轉移支付規模和比例，加大公共服務領域投入”的要求，結合新形勢下地區間經濟社會發展、財力變化以及均衡性轉移支付運行情況，“十一五”期間，財政部著力從細化測算方法和完善成本差異體系兩個方面，對均衡性轉移支付辦法進行了改革。改革保留了分稅種測算標準收入的框架，但細化了主要稅種的測算方法，以更精確地反映地方標準收入能力；標準支出改按轄區總人口測算，體現了“以人為本”的執政理念；同時，標準支出計算單位細化到縣級，為今後直接推進基層公共服務均等化奠定基礎。地區間支出成本差異方面，充實並完善考慮因素，以更好地反映海拔、溫度等客觀因素對單位公共服務成本的影響。

    此外，針對2009年企業所得稅和個人所得稅增長乏力的特殊情況，除按照2002年確定的所得稅挂鉤機制外，經請示國務院同意，額外增加了轉移支付總額，保證了金融危機背景下中央對地方支持力度不減，既體現了困難時期中央對地方的關懷與支持，也為下一步重構均衡性轉移支付總額確定機制創造了條件。

    出臺重點生態功能區轉移支付政策。按照十七大關於“圍繞推進基本公共服務均等化和主體功能區建設，加快形成統一規範透明的財政轉移支付制度”的精神，在國家級主體功能區規劃尚未出臺的背景下，考慮到青海三江源等國家級重點生態保護區的生態補償機制亟待建立，從公共服務均等化和國家生態安全大局出發，為加快民生工程和生態環境建設，在慎重研究並請示國務院批准後，財政部從2008年起，開始實施重點生態功能區轉移支付。具體辦法是，採取加計生態保護等支出和提高補助系數的方法，增加對三江源等重點生態功能區的均衡性轉移支付力度，提高生態功能區的基本公共服務水平，推進重點生態功能區的生態保護和恢復工作。為優化資金分配辦法，提高資金使用效益，以鼓勵有關地區開展生態保護和建設為目標，2009年財政部與有關部門和單位配合，研究完善了轉移支付辦法，著力研究建立資金分配與使用績效的監控及評價體系。實施一段時間以來，各方普遍認為該轉移支付非常及時，對校正利益外溢，建立生態屏障保護的長效機制，推動有關地區實現科學發展具有十分重要的意義。

    調整民族地區轉移支付政策。隨著基礎數據的逐步細化和測算方法的逐步完善，為了貫徹《民族區域自治法》，體現中央對民族地區的關懷，促進民族自治地方經濟社會和諧發展，經請示國務院批准，2006年中央財政將民族省區和民族自治州以外的44個民族自治縣全部納入了轉移支付範圍，實現了對所有民族地區的全覆蓋。針對以往轉移支付年度間規模波動較大等問題，在調查研究並充分徵求民族地區意見的基礎上，圍繞提高轉移支付規模的穩定性和可預見性，財政部還研究提出了完善民族地區轉移支付總額確定機制的方案。目前，方案已經國務院批准，並於2010年實施。按照新方案，中央財政將按照上一年度下達的民族地區轉移支付額，根據前三年全國國內增值稅收入平均增長率，確定當年民族地區轉移支付總額。此外，為進一步提高轉移支付資金分配的有效性與合理性，還按照科學發展觀的要求，對民族地區轉移支付資金分配辦法進行了完善。

    設立資源枯竭城市轉移支付。按照《國務院關於促進資源型城市可持續發展的若干意見》精神，經國務院批准，2007年起中央財政設立資源枯竭城市財力性轉移支付，支持資源枯竭城市化解社會管理和公共服務等領域的歷史欠賬，促進可持續發展。為了提高轉移支付資金使用效益，完善轉移支付辦法，財政部採用調研和座談等方式，聽取地方的意見，研究提出完善轉移支付辦法的方案建議。自2008年起，為增強縣（市、區）財政保障能力，設立並逐年適當增加其固定數額補助；自2009年起，引入激勵機制，對省級政府配套資金給予獎勵，鼓勵有關省級政府增加對轄區內資源枯竭城市的支持。目前，44個資源枯竭城市（19個地級市、18個縣或縣級市、7個市轄區）享受此項轉移支付，中央財政累計下達轉移支付資金168.13億元。其中，2007年8.32億元，2008年34.81億元，2009年50億元，2010年75億元。該項轉移支付資金增幅相對較大，充分體現了中央財政對經濟轉型工作的重視和對資源枯竭城市的照顧。