自治區通過推進新農合盟市級統籌、家庭健康小藥箱、縣鄉村一體化管理3項有特色的農牧區重點工作，方便農牧民就醫治病。內蒙古的新農合工作已經實現12個盟市級統籌。

    從運行結果看，實行全盟市基金統籌，按照統一籌資方式、統一補償政策、統一基金管理、統一服務監管和統一信息管理的模式運行，既節省了管理成本，又保障了基金的安全，大大方便了農牧民異地參合、就醫和即時結報。同時內蒙古還探索實施了縣鄉村一體化工程，對基層醫療衛生機構進行清理整頓，實施了分級分類管理，並對基層醫務人員實行全員聘用制，統一人員管理 。