為確保兩節期間公共衛生安全，衛生部在節前下發通知，對醫療衛生服務和應急工作進行專門部署。各地衛生部門以高速公路、旅遊景區、機場、車站和碼頭等場所為重點，落實緊急醫學救援、傳染病疫情監測、食品飲水安全監管和突發公共衛生事件應急處置準備等措施，為維護公眾身體健康提供有力保障。

    兩節期間，衛生部未收到重大傳染病疫情和重大突發公共衛生事件報告，全球無新增新型冠狀病毒感染病例報告，我國境內無不明原因肺炎病例報告。突發事件衛生應急處置情況主要為：10月1日上午京津塘高速公路武清段發生一起旅遊客車與大型集裝箱貨車追尾造成6死、14傷的交通事故，其中德籍遊客5人死亡、12人受傷；雲南省鎮雄縣大灣鄉發生1起誤食野生菌造成5人死亡、4人中毒的事件，患者已轉至貴州省人民醫院救治；10月6日下午河北省保定市1居民樓發生爆炸造成3死、34傷的事件； 10月7日中午青銀高速淄博段發生一輛客車側翻事故，造成14人死亡、43人受傷。上述四起事件發生後，衛生部和地方衛生部門迅速組織開展傷員現場搶救和院內救治等工作，並及時向天津市、貴州省、河北省和山東省派遣了國家級醫療專家指導現場衛生應急工作。

    兩節期間，衛生部牽頭建立了跨部門、跨區域聯合應對新型冠狀病毒疫情協作機制，及時蒐集新型冠狀病毒疫情信息，組織專家進行研判，制訂了防控和應對新型冠狀病毒疫情的工作方案、應急預案和診療技術指南，配合質檢總局、宗教局制訂了口岸和朝覲活動疫情防控預案，積極落實防範和應對準備各項措施。同時，中國疾控中心在其官方網站上發佈了新型冠狀病毒預防的國際旅行和出入境健康提示。