黨的十六大以來，中央財政以科學發展觀為指導，認真貫徹落實黨中央、國務院決策部署，積極調整支出結構，不斷加大投入力度，為贏得“三農”發展黃金期做出了重要貢獻。2003-2012年，中央財政“三農”投入累計超過6萬億元（2012年數據為年初預算數，下同）。總量上，中央財政“三農”投入從2144億元增加到12286.6億元，翻了兩番還要多；速度上，中央財政“三農”投入年均增長21%，高於同期財政支出年均增長4.5個百分點；比重上，中央財政“三農”投入佔財政支出的比重從13.7%提高到19.2%，達到將近五分之一。從千億到萬億，數量級跨越的背後，是中央財政“三農”投入穩定增長保障機制的逐步形成完善。
穩定增加涉農補貼規模
從2002年安排1億元設立良種補貼開始，中央財政涉農補貼種類不斷增加，範圍逐漸擴大，標準日益提高，到2012年已經形成了包含四項直接補貼、造林補貼、家電下鄉補貼等在內較為完整的補貼政策體系，補貼規模達到2000多億元，大大改變了國家與農民直接的利益分配關係。
一是實施四項直接補貼。農作物良種補貼從最初大豆1個品種擴大到水稻、玉米、小麥等10個品種，基本實現主要産區全覆蓋。農機購置補貼單機補貼限額多次大幅提高，種類擴大到12大類46小類180個品目，共補貼各類農機具約564萬台（套），受益農戶約439萬戶。實施糧食直補政策，首次建立國家對數億農民的直接補貼渠道。不斷完善農資綜合補貼動態調整機制，有效彌補農資價格上漲造成的種糧成本增支。
二是實施農林生態保護和畜牧良種補貼。建立健全草原生態保護補助獎勵機制，逐步覆蓋到國家確定的牧區半牧區縣（市、旗）。探索實行符合國情的造林補貼政策，補貼範圍擴大到全國所有省份。陸續出臺生豬、奶牛、肉牛、綿羊等良種補貼政策，全國共有300多萬農戶直接受益。
三是建立農業保險保費補貼制度。中央財政農業保險保費補貼險種增加到玉米、水稻、小麥等15個，各級財政保費補貼比例平均達到80%左右，累計帶動農業保險累計實現保費約600億元，為5.8億戶次投保農戶提供風險保障1.78萬億元。
四是實施大中型水庫移民後期扶持政策。自2006年7月1日起，對經核定的大中型水庫農村移民，按照每人每年600元的標準，統一扶持20年。截至2011年底，全國納入大中型水庫後期扶政策範圍的移民共計2394萬人。
五是實施消費補貼。以直補方式對農民購買家電給予銷售價格13%補貼，累計銷售家電下鄉産品逾2.5億件，實現銷售額6000多億元。
著力加大現代農業投入力度
為提高農業綜合生産能力，促進現代農業發展，中央財政不斷加大投入力度，完善政策措施，著力加強農業基礎設施“硬體”，提升農業科技水平“軟體”，改善農林生態“環境”，為探索中國特色農業現代化道路發揮了積極的作用。十年間，中央財政用於這一方面的投入始終保持快速增長態勢。
一是加強農業基礎設施建設。大力支持農村小型農田水利建設，先後實施三批共1250個小農水重點縣建設，基本覆蓋了農業大縣和産糧大縣。啟動2209條重點中小河流重要河段治理，累計治理河長1.25萬公里。安排小型病險水庫完成除險加固任務5.27萬座，佔到現有小型水庫一半以上。支持耕地開發和土地整理、整治、復墾，加快中型灌區節水配套改造，開展中低産田改造、高標準農田建設，加強重點商品糧棉油基地建設，促進糧食等優勢特色農業主導産業發展。
二是促進農業科技進步。積極支持農業領域科研工作，促進農業科技成果轉化，加快農業技術推廣，實行測土配方施肥，推進糧棉油高産創建示範，啟動現代農業産業技術體系建設，開展農村勞動力轉移培訓，實施科普惠農興村計劃，初步建立起了符合農業科研活動規律、農業科技工作特點和財政預算管理要求的財政農業科技投入體系。
三是調動主要農副産品生産大縣積極性。出臺産糧大縣獎勵政策，逐步創新推出産油大縣、超級産糧大縣和超級産糧大省獎勵政策，有效緩解産糧（油）大縣的財政困難。設立生豬調出大縣獎勵資金，累計支持生豬調出大縣1799個。
四是大力支持農林生態保護和建設。分期實施天然林資源保護工程，累計減少森林資源消耗10.39億立方米。全面啟動退耕還林工程。正式建立森林生態效益補償基金，結束了森林生態效益無償使用的歷史。嚴格規範育林基金、森林植被恢復費徵收使用管理，促進林業可持續發展。支持實施國家重點水土保持建設工程，完成治理面積7.63萬平方公里。
五是支持農業抗災減災救災。陸續出臺糧食主産區抗旱澆水、冬小麥“一噴三防”等措施，支持防汛抗旱搶險、應急度汛及水毀水利設施修復，開展重大農作物病蟲害防治、基層動物防疫，推動氣象直接服務“三農”，實施全國山洪災害防治縣級非工程措施建設，落實蓄滯洪區運用補償政策，多次提高自然災害生活救助標準。
大幅度增加農村社會事業發展支出
全面貫徹黨的十六大“統籌城鄉經濟社會發展”戰略方針，十年間，中央財政通過大規模、超常規的投入，逐步將農村教育、文化、醫療衛生等納入公共財政支出範圍，構建起了具有中國特色的農村社會安全保障網絡。到2012年，中央財政農村社會事業發展支出已經將近佔到“三農”支出的半壁江山。
一是優先促進農村教育均衡發展。從2006年春季學期起，逐步將農村義務教育全面納入公共財政保障範圍，建立起中央和地方分項目、按比例分擔的農村義務教育經費保障機制。全國約1.3億學生全部享受免學雜費和免費教科書政策，中西部地區約1228萬名家庭經濟困難寄宿生獲得資助。陸續啟動實施農村義務教育階段學校教師特設崗位計劃、農村義務教育薄弱學校改造計劃等，支持改善農村教育條件。
二是促進農村醫療衛生事業發展。在試點五年內，將新型農村合作醫療制度實現全面覆蓋，各級財政對參合農民的補助由2003年20元/人·年提高到2012年240元/人·年。截至2011年底，參合人數達到8.32億人，政策範圍內住院費用報銷比例達到70%左右，門診統籌普遍推開。農村醫療救助制度建立後，困難農民的醫療費用負擔進一步減輕。
三是推動建立農村社會保障制度。新型農村社會養老保險經過3年試點，與城鎮居民社會養老保險同時在全國範圍內啟動制度全覆蓋，1億多城鄉老人按月領取國家發放的基礎養老金。建立農村最低生活保障制度，不斷提高全國農村低保平均標準和月人均補助水平。
四是大力促進農村文化計生事業發展。支持實施全國文化信息資源共享、廣播電視“村村通”、農村電影放映、農家書屋、農民體育健身等重點文化惠民工程，推進博物館、紀念館、美術館等公共文化設施免費開放，滿足廣大農民群眾精神文化需求。支持實施全國農村部分計劃生育家庭獎勵扶助制度等，完善計劃生育利益導向政策體系。
五是統籌推進農村扶貧開發和基礎設施改善。積極完善財政綜合扶貧政策體系，加大對貧困地區的一般性轉移支付力度，引導專項轉移支付向貧困地區、貧困人口傾斜，保持財政專項扶貧資金穩定增長。將農村危房改造試點覆蓋到中西部地區所有縣和部分東部地區陸地邊境縣，超過2/3省份開展了農村環境連片整治示範工作，支持全國新改建農村公路272萬公里，逐年提高強農惠農富農項目在中央基建投資中所佔比重。
勇於承擔改革必要成本
為增添“三農”發展活力，推動體制機制改革順利進行，中央財政積極安排相關支出，勇於承擔取消農業稅收制度、深化農村綜合改革等所帶來的必要成本，構建了促進農業農村科學發展的體制機制。一是深化農村稅費改革。在全國範圍內全面鋪開農村稅費改革，進一步深化國有農場稅費改革，推進減輕大湖區農民負擔綜合改革。從2006年起，提前3年時間全面取消農業稅，終結了延續2600年曆史的“皇糧國稅”。二是推進縣鄉機構改革。到2011年底，全國33631個鄉鎮已完成或正在進行機構改革，佔總數的98％，初步建立了符合農村實際和鄉鎮工作特點，精幹高效的鄉鎮行政管理體制。三是建立一事一議財政獎補機制。以農民民主議事為前提，以農民自願籌資籌勞為基礎，通過民辦公助的方式，對符合規定的村級公益事業建設項目給予適當獎補，累計建成一事一議財政獎補項目98.5萬個，惠及億萬農民。四是支持農村金融改革。實施縣域金融機構涉農貸款增量獎勵、農村金融機構定向費用補貼、農村信用社保值儲蓄補貼等政策，引導更多信貸資金和社會資金投向農村，推進涉農金融機構改革發展。五是支持涉農體制改革。支持集體林權制度改革全面推開，將家庭承包經營從耕地擴大到林地，豐富和完善了農村基本經營制度。此外，還積極支持農業科技推廣體制、農林水氣事業管理體制等改革，推動建立促進農林水氣事業科學發展的體制機制。
在不斷加大直接投入的同時，中央財政還綜合運用稅收優惠、貸款貼息等財稅杠桿，積極開發國際國內兩個市場、兩種資源，大力引導和激勵企業、民間團體、金融機構和農民群眾等增加投入，充分利用國際金融機構、外國政府貸款，初步形成了支持“三農”發展的多元化投入格局。
從千億到萬億，是起點而不是終點，是開始而不是結束，是出發而不是到達。在黨中央、國務院的正確領導下，中央財政將積極貫徹落實強農惠農富農政策，不斷加大投入力度，繼續沿著科學發展的道路續寫“三農”發展新的輝煌。
