黃浦江及上游水域死豬漂浮事件發生後，農業部高度關注，並迅速派出調查組赴浙江、上海實地了解情況，督導、協調處置工作。同時，農業部發出通知，要求各地畜牧獸醫部門切實加強動物防疫工作，防止發生區域性重大動物疫情；嚴格監督做好檢疫不合格動物、動物産品的無害化處理工作，嚴防病死動物進入市場。

    3月14日，國家首席獸醫師于康震帶領農業部督導組赴浙江，督促指導地方科學開展處置工作。