三峽庫區涉及湖北省、重慶市19個縣（區），總面積5.76萬平方公里，農村移民共33.62萬人。1992年以來，農業部認真落實中央關於對口支援三峽庫區移民工作的方針政策，努力發揮部門與行業優勢，積極探索對口支援工作的新方法、新措施，圍繞宏觀指導謀發展、增加投入強産業、開展培訓扶智力等多個領域進行傾斜性幫扶，為三峽庫區移民“移得出、穩得住、逐步能致富”和庫區農業農村經濟發展開展了卓有成效的工作。

    在對口支援工作中，農業部堅持規劃引領，加強對庫區的發展指導。先後組織編制了《三峽庫區柑橘産業開發規劃》、《三峽庫區柑橘産業非疫區建設方案》，初步形成了三峽庫區優質柑橘産業帶，目前，柑橘種植面積達342萬畝，佔三峽庫區柑橘種植面積的60%，年産值達223億元，帶動351萬農民脫貧致富。2008年，農業部與重慶市簽署了合作共建統籌城鄉現代農業示範區備忘錄，形成了對口支援三峽庫區的合力。《三峽庫區草食畜牧業開發規劃》實施以來，有效促進了庫區草食牲畜的發展，重慶三峽庫區實現畜牧業産值73.6億元，佔農業總産值42%。2010年《三峽庫區漁業發展規劃》實施以來，庫區全面實施資源增殖、水域牧場、濕地漁業和質量品牌工程，重慶市三峽庫區水産品産量達15.9萬噸，佔全市水産總産量的48%；養殖面積4.6萬公頃，佔全市養殖面積的54%；漁業産值39萬元，佔全市漁業總産值的54%。

    為培育庫區産業發展，十幾年來，農業部多渠道籌措資金，不斷加大投入力度。在農業基本建設投資中，專門安排對口支援三峽庫區專項資金，對庫區農業和農村經濟發展給予傾斜。據統計，1992-2012年，農業部累計投入三峽庫區農業建設項目資金19.8億元，重點扶持了三峽庫區柑橘優勢産業帶、草食畜牧業、漁政漁港等項目建設。為推動三峽庫區柑橘非疫區建設，2006-2008年農業部啟動了重慶三峽庫區非疫區建設項目，共投入資金4790萬元。為解決制約庫區柑橘産業發展的良種問題，農業部安排中央財政4500萬元專項補貼資金用於柑橘良種苗木補貼。農業部組織實施了6400萬美元的世行長江柑橘帶項目，併為原萬州區爭取到1600多萬美元的無償糧援項目。農業部安排中央投資1.5億元用於發展庫區草食畜牧業。2006-2009年農業部組織實施了庫區客土培肥工程建設，中央投資9.4億元，實施工程後增加耕地面積9054畝，一定程度上的緩解了移民人均耕地少的嚴峻形勢。

    實現庫區移民脫貧致富的根本出路在於提高勞動者素質。在對口支援工作中，農業部始終堅持把科技智力幫扶放在重要位置，圍繞庫區特色産業發展，大力加強三峽庫區各類農業人才隊伍建設，積極開展農村勞動力轉移培訓，有力地促進了庫區移民群眾素質和自我發展能力的提高。農業部先後以西南農業大學、萬縣農校、涪陵農校等為依託，累計培訓各類技術人才34.7萬人次。大力實施庫區農村勞動力培訓“陽光工程”，僅近兩年就安排項目資金7000多萬元，培訓人員17.6萬人。積極協調和推進實施移民縣市“科技入戶”工程，向移民推廣農業先進實用技術和農作物新品種1440項。堅持每年舉辦定點扶貧地區及三峽庫區農業幹部培訓班。

    農業部還高度重視庫區的生態建設。從1997年起，農業部開展了以推廣農村沼氣為核心的高效生態農業示範建設，形成以沼氣為紐帶、種養加三業並舉、協調高效發展的庫區循環經濟發展格局。近年來，共建設三峽庫區農村戶用沼氣18.8萬口，推廣“豬-沼-果”，“果-茶-雞”等高效生態農業模式133萬畝，建設旱澇保收農田22萬畝，發展庭院生態經濟戶2.1萬戶。在漁業資源保護方面，農業部2012年在庫區投入魚苗5520萬尾。指導重慶市、湖北省漁業行政主管部門對漁業資源狀況進行持續監測，確保庫區實現良好的水域生態環境。此外，2012年，農業部安排庫區的岩溶地區石漠化治理工程中央投資7400萬元。