根據《國務院辦公廳印發關於縣級公立醫院綜合改革試點意見的通知》和《國務院辦公廳關於印發深化醫藥衛生體制改革2013年主要工作安排的通知》的要求，為深入了解試點縣級公立醫院綜合改革試點的做法、進展和成效，明確影響改革深化的主要因素及其原因，評價不同改革措施的適宜性、可持續性和可推廣性，為形成縣級公立醫院改革的基本路子、完善政策提供科學依據，國務院醫改辦會同中央編辦、發展改革委、財政部、人力資源社會保障部、國家衛生計生委、中醫藥局定於2013年8月-9月組織對縣級公立醫院綜合改革試點的評估工作。評估分階段進行：第一階段為地方自評估，目前已基本結束；第二階段由相關部門和專家組成9個評估組，對包含首批國家確定試點縣的18個省（市）開展現場評估，此階段工作定於8月29日啟動。

    8月28日，國務院醫改辦召開縣級公立醫院綜合改革試點評估行前會，介紹縣級公立醫院綜合改革試點評估方案及工作流程，就把握縣級公立醫院綜合改革試點評估的主要任務、關鍵環節及做好評估工作提出要求。國家衛生計生委副主任、國務院醫改辦主任孫志剛同志出席會議並講話。孫志剛在講話中指出，開展縣級公立醫院綜合改革試點評估對總結提煉推進縣級公立醫院綜合改革的模式和路徑、完善深化改革的政策措施具有重要意義。評估要準確把握縣級公立醫院綜合改革試點的目標、原則、思路，圍繞改革試點的主要政策措施：即落實縣級政府辦醫責任、取消藥品加成後重構補償機制、改革縣級醫院人事分配製度、建立藥品和耗材採購供應機制、完善醫院管理制度、推進基本醫保支付方式改革、完善縣域醫療服務體系、加強行業監管、推進人才隊伍建設、加強醫德醫風建設和鼓勵社會資本舉辦醫療機構。孫志剛要求各評估組高度重視評估工作，落實分工，加強協作，客觀公正，深入細緻，保質保量完成任務。他特別對評估組的工作紀律提出了要求。

    現場評估期間，評估組將對試點縣政府領導、縣級醫院管理者、醫務人員代表進行深度訪談，廣泛聽取各方對深化改革的意見和建議；同時實地考察試點縣級公立醫院，查閱醫院財務數據及處方、病歷檔案，評價改革試點對公立醫院和醫務人員的影響。