1999年經國務院批准中央財政設立科技型中小企業技術創新基金，重點支持處於初創期的科技型中小企業的創新創業活動。到2005年底，累計預算安排資金44億元，立項支持了7962個項目。根據對立項項目執行情況的分析，創新基金取得了顯著的實施效果。

    ——從有關經濟技術指標看，截止2005年底，共完成創新基金項目驗收3295項，驗收合格率達75.5%。這些受資助項目在執行期間，已實現産品累計銷售收入1188.6億元，上繳稅金137.7億元，出口創匯16.6億美元，項目承擔企業人數近19萬人，分別比立項時增長了8.6倍、9.6倍、5.4倍、0.47倍。財政支出的收益比例已達到1：5.8（3295項驗收項目基金共安排資金23.5億元），創新基金已經實現了通過大循環實現回報的最初設計理念。

    ——從推動技術創新成果進入市場看，根據對已完成驗收的3295項創新基金項目分析，項目立項時，有872項處於研發階段、1877項處於中試階段、546項處於批量生産階段，三個階段項目所佔的比例分別為26.5%、57.0%、16.6%，明顯可見，項目在立項初期，商品化的程度較低，研發、中試階段的項目比例達到83.5%；經過幾年創新基金項目的實施，到驗收時，三個階段項目的比例變化為2.1%、27.2%、70.2%，處於研發階段的項目比例由立項時的26.5%下降為2.1%，而處於批量生産階段的項目比例由立項時的16.6%上升到70.2% ，項目的市場進入能力有了較大的提高。

    ——從促進科技型中小企業發展看，企業的經濟實力得到顯著增強。根據對已完成驗收的152項創業項目（企業成立時間不足18個月）的統計分析，這些創業項目在立項時，88%的企業沒有銷售收入，企業的平均資産為66.57萬元，企業平均年收入僅有7.99萬元，項目産品的平均銷售收入為6.58萬元。但是通過創新基金的支持與引導， 152家企業在驗收時，有81%的企業實現了銷售收入，項目完成了技術成果向産品的轉化，並小批量進入市場；企業的平均資産達到263.45萬元，增長了2.9倍，企業平均年收入達到202萬元，增長了24.3倍，項目産品平均銷售收入達到163.63萬元，增長了23.9倍。小企業發生的這種顯著變化，充分説明了創新基金的支持效果，體現出創新基金對提高初創期科技型小企業的生存、發展能力的重要作用。創業項目的資助方式起到了對初創型企業“雪中送炭”的作用，達到了創新基金預期的政策目標，為企業今後更大的發展打下了基礎。

    ——從企業的市場表現看，《中國企業家》雜誌在2004年度評出的21家“未來之星——最具成長性的中小企業”中，剔除8家不屬於創新基金支持範圍的企業，其餘13家企業中有11家申請過創新基金，佔13家企業的85%，其中10家企業得到了創新基金的資助，佔申報企業的91%。截止2005底，在深圳中小企業板上市的50家企業中，申請過創新基金的有19家企業，其中15家企業共有18個項目獲得創新基金支持，佔深圳中小企業板上市企業的30%。

    ——從基金的引導和帶動作用看，七年中，創新基金調動了30個省市地方政府資金33.5億元，吸引商業銀行和金融機構的資金近152億元。通過對已驗收項目的統計表明：中央財政每投入1元錢，可引導社會各類資金投入12元。