為進一步規範和加強國家重點實驗室的建設和運行管理，2008年8月29日，科技部、財政部聯合發佈了《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》。

    國家重點實驗室計劃從1984年開始組織實施，近年得到了快速發展，現有國家重點實驗室220個，固定人員1萬餘人，儀器設備總值80多億元。在統籌部署、適度新建、定期評估、擇優支持、動態管理等創新制度的推動下，國家重點實驗室已經成為我國組織開展高水平基礎研究和前沿技術研究、聚集和培養優秀科學家、開展學術交流的重要基地，在科學前沿探索和解決國家重大需求問題方面均做出了突出貢獻。原來的《國家重點實驗室建設與管理暫行辦法》（2002年）已執行六年，得到了科技界的廣泛認同，對規範國家重點實驗室的建設和運行管理髮揮了重要作用。

    《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006-2020年）》明確指出，“加強國家重點實驗室建設，不斷提高其運行和管理的整體水平。”為貫徹落實十七大精神和《規劃綱要》，進一步加強國家重點實驗室建設，國家從2008年起設立了國家（重點）實驗室專項經費，從開放運行、自主選題研究和科研儀器設備更新三方面，加大國家重點實驗室穩定支持的力度。設立專項經費有利於營造寬容失敗、摒棄浮躁、潛心研究的科研環境，是國家重點實驗室又好又快發展的重要保障，標誌著國家重點實驗室進入了新的發展階段。專項經費的設立對國家重點實驗室的管理提出了新的要求，為適應新的形勢，在總結國家重點實驗室計劃組織實施經驗的基礎上，科技部聯合財政部對原管理辦法進行了修訂，並多次徵求有關部門和國家重點實驗室代表的意見，修訂工作歷時近一年。

    新的《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》主要修訂內容包括：第一，明確提出中央財政設立專項經費，支持國家重點實驗室開放運行、科研儀器設備更新和自主創新研究。第二，針對專項經費的支持範疇，明確了自主研究課題、訪問學者制度、科研儀器設備更新和自主研製等內容的程序、要求和辦法；第三，提出實驗室的建設、運行和發展要堅持穩定支持、動態調整和定期評估的原則，並提出相應措施；第四，進一步加強對實驗室的日常管理，增加年度計劃和總結、對部分實驗室抽查等內容，建立運行管理中的“預警機制”；第五，進一步強化對學術委員會的要求，確保學術委員會發揮作用；第六，進一步強化依託單位職責，明確依託單位應優先支持實驗室發展。新的管理辦法還強調國家重點實驗室設備共享、數據共享、科學普及、成果轉化、與企業合作等內容。

    科技部、財政部還將聯合製定發佈《國家重點實驗室專項經費管理辦法》，規範專項經費的管理，提高資金使用效率。