為加快建立有利於資源節約和環境保護的財稅制度，推進經濟增長方式實現根本性轉變，針對廉價或無償使用資源造成資源浪費和環境污染日益加劇的問題，啟動了以煤炭資源為試點的礦産資源有償使用制度改革。改革以深化煤炭資源探礦權採礦權有償取得和建立煤炭資源勘查、開發合理成本負擔制度為核心；以加大煤炭資源勘查的支持力度，完善煤炭資源稅費政策，加強煤炭資源開發管理和宏觀調控，促進煤炭資源合理有序開發，不斷提高煤炭資源回採率為目標。改革的政策措施主要有五個方面：一是嚴格實行煤炭資源探礦權、採礦權有償取得制度；二是將煤炭資源勘查作為中央財政地質勘查基金（週轉金）支持重點；三是建立煤礦礦山環境治理和生態恢復責任機制；四是合理調整煤炭資源稅費政策；五是加強煤炭資源開發管理和宏觀調控。此項改革是財稅政策推進經濟增長方式轉變的重要舉措。國務院召開全國電視電話會議對試點改革工作進行了動員和部署，從2006年起，試點改革工作在山西、內蒙等8個煤炭主産省全面推開，相關配套政策均已出臺。2007年底，將對試點工作進行評估、總結提出進一步完善礦産資源有償使用制度改革的政策建議。

    針對當前部分企業肆意排污而不顧忌環境成本，環境保護缺乏內在約束和激勵機制的問題，財政部提出了以排污權有償取得和排污權交易改革為突破口，推進環境有償使用制度改革的總體思路。具體是：在“總量控制”的前提下，實行排污權有償取得，政府將排污權有償出讓給排污者，改變目前企業隨意排污而不顧忌成本的狀況，同時允許排污權進行交易，以使企業在利益的驅動下，珍惜有限的排污權，減少污染物的排放，並可因減少排放而受益。排污權有償取得和排污權交易改革涉及體制改革，十分複雜，初步考慮，擬在某一行業或某一流域內先行試點，在探索經驗的同時，抓緊相關政策的建立和完善。