為解決我國農村義務教育經費方面長期存在的各級政府投入責任不明確、經費供需矛盾比較突出、教育資源配置不盡合理、農民教育負擔較重等突出問題，2005年12月，國務院發出《國務院關於深化農村義務教育經費保障機制改革的通知》（國發[2005]43號)，要求從2006年開始深化農村義務教育經費保障機制改革。

    這次改革按照"明確各級責任、中央地方共擔、加大財政投入、提高保障水平、分步組織實施"的基本原則，逐步將農村義務教育全面納入公共財政保障範圍，建立中央和地方分項目、按比例分擔的農村義務教育經費保障機制。中央重點支持中西部地區，適當兼顧東部部分困難地區。改革的主要內容：一是全部免除農村義務教育階段學生學雜費，對貧困家庭學生免費提供教科書並補助寄宿生生活費。免學雜費中央與地方的分擔比例，西部地區為8：2，中部地區為6：4，東部地區（除直轄市以外）分省確定。中西部地區貧困家庭學生教科書，全部由中央財政負擔。寄宿生生活費補助資金，由地方財政負擔。二是提高農村義務教育階段中小學公用經費保障水平。三是建立農村義務教育階段中小學校舍維修改造長效機制。中西部地區，中央與地方按照5：5的比例予以分擔，東部地區，中央視其校舍維修改造情況予以獎勵。四是鞏固和完善農村中小學教師工資保障機制。另外，推進教育綜合改革，切實治理教育亂收費。這項改革自2006-2010年實施，不考慮教師工資增長因素，中央和地方各級財政5年間累計新增經費2182億元。

    2006年，全部西部地區和中部12個試點縣免除學雜費和提高公用經費保障水平政策均落實到位，5007萬名農村義務教育階段學生享受了免學雜費政策。2006年，中央財政用於保障機制改革的經費投入超過140億元。免除學雜費政策實施後，西部地區平均每個小學生減負140元，初中生減負180元，中部12個試點縣平均每個小學生減負170元，初中生減負232元；東部地區大部分省份也主動實施了改革。農村中小學實現了正常運轉，校舍維修改造長效機制全面啟動，農村中小學收費行為明顯規範，一些輟學學生又回到了課堂，農村學校的經費水平大幅度提高，學校出現了新的面貌。2007年，全國農村義務教育階段中小學生將全部免交學雜費。許多群眾由衷地稱讚"免交學雜費，農民得實惠"。

    這一改革逐步將農村義務教育納入公共財政保障範圍，標誌著農村公共産品供給方式正在發生具有劃時代意義的深刻變革。同時，實施了農村義務教育階段學校教師特設崗位計劃，並在全國10個省份啟動新農村衛生新校園建設工程試點，為農村義務教育加快發展注入了新的活力。