按照國務院統一部署，2006年中央財政對中西部地區參合農民的補助標準由每人每年10元提高到20元，並將中西部地區中農業人口占總人口比重70%以上的市轄區和福建、山東、遼寧、江蘇、浙江、廣東等東部省份納入補助範圍。2006年中央財政對地方試點補助資金達到42.7億元，相當於去年的7.9倍。地方財政也按照規定提高了補助標準，其中大部分地區由每人每年10元一步提高到20元，有困難的區也要在兩年內提高到20元。各地還調整了各級財政的負擔比例，省級財政拿大頭，不增加財政困難縣的負擔。截至到2006年底，全國開展新型農村合作醫療試點的縣（市、區）達到1451個，比2005年試點縣（市、區）增加了近一倍。參合農民4.1億人，佔全國農業人口的46%。2006年新型農村合作醫療籌資總額為203.13億元。合作醫療基金支出122.72億元，其中：用於住院補償101.53億元，佔基金支出總額的82.7%；用於門診補償19.91億元，佔16.2%。