國務院正式批准全面實施“高等學校本科教學質量與教學改革工程”，中央財政將專項支持高等學校深化教學改革，提高教學質量。啟動萬種教材建設計劃，評選表彰高等學校教學名師，開展工程教育、醫學教育專業認證試點，大學英語教學改革、國家精品課程、實驗教學示範中心建設紮實推進，繼續推進對口支援西部地區高等學校計劃。高等學校教學評估體系建設日趨完善，本科教學評估工作成效顯著，以評促建，以評促改，有力地促進了教學質量的提高。“國家示範性高等職業院校建設計劃”全面啟動，2006年確定了28所高等職業院校立項建設。高水平大學和重點學科建設工作繼續推進。

    高校在建設創新型國家中的重要作用更加凸顯。為貫徹落實全國科學技術大會精神，教育部研究制訂《關於加強研究型大學建設增強高等學校自主創新能力的若干意見》等9項國家中長期科技規劃綱要配套政策實施細則。高校科技創新實力持續增強。2006年，高校作為首席科學家承擔“973計劃”項目29項，佔總數的44.6%。高校承擔“863計劃”各類項目1504項，佔總數的56.9%。高校獲得國家傑出青年科學基金106項，佔總數的66.3%。高校獲得國家自然科學獎一等獎2項，國家技術發明獎一等獎1項，國家科技進步獎一等獎2項。教育信息化建設取得重要進展，中國下一代互聯網示範工程CNGI-CETNET2和中國教育科研網格ChinaGrid走在世界前列。高校在推動國家創新體系建設、提高自主創新能力、建設和諧社會方面正在發揮著愈來愈重要的作用。積極參與馬克思主義理論研究和建設工程，推進高校哲學社會科學繁榮計劃，加強人文社會科學重點研究基地建設，高校哲學社會科學教學科研骨幹的培訓工作取得了良好的成效。