為更好地適應當前和未來國家經濟社會發展對高層次人才特別是拔尖創新人才的需要，積極推動高等教育實施素質教育，從2006年起，啟動了研究生招生制度新一輪改革。改革的方向是，既要遵照研究生招生規律，不拘一格選拔拔尖創新人才，又要確保公平公正，努力實現二者的統一。改革的重點有三個方面：一、以深入考查考生專業能力和素質為重點，積極加強和改進復試工作。

    2006年，教育部下發了《關於加強碩士研究生招生復試工作的指導意見》。一是強化了復試的地位和作用，提高了復試成績佔總成績的權重；二是明確了高校是實施復試的權力和責任主體；三是強化了選拔創新人才的導向和機制；四是提出了更加科學的考核體系要求，加強了復試製度建設。

    二、執行推免生工作新辦法，推進推免生制度改革，探索多元化的人才選拔方式。一是堅持質量標準，引導實施素質教育。適度擴大研究生院高校推免生比例，擴大比例主要用於鼓勵這些高校開展校際交流；二是加強對特殊才能特別是拔尖創新人才選拔力度，特殊人才可以不參加綜合排名；三是堅持公開公正原則，嚴格推免生工作的流程和規範；四是適度擴大具有開展推免生工作資格高校的範圍，不再通過行政審批，而是採取設定標準和專家評審相結合的辦法。

    三、按照總體規劃，分類指導，穩妥推進，逐步完善的原則，啟動初試科目改革。

    針對現行初試科目設置的問題——專業課自行命題科學性差、考務工作成本大和安全漏洞多等問題，從2007年起，積極穩妥地探索和嘗試初試科目改革。通過改革，使初試功能更加合理，更加側重考查基本素質、一般能力和學科基本素養。為此，進一步精簡、優化初試科目，完善、規範考試內容，逐步實現大部分初試科目統一命題或聯合命題。2007年教育學、歷史學和醫學三個學科門類進行四改三，政治、外語暫維持不變，兩門業務課改成專業基礎綜合。對教育學、心理學、歷史學三個一級學科統一命題，醫學設“醫學綜合”、“中醫綜合”，實行統一命題，對少數專業不適宜統考的，繼續由招生單位自行命題。