2001年以來，針對一些地方和部門以加強管理和服務為名，對進城務工的農民巧立名目亂收費，農民進城務工就業受到不合理限制，農民工權益受到損害等問題，按照國務院的統一部署和要求，發展改革委（原國家計委）、財政部等部門對涉及農民工的收費進行了全面清理和規範，聯合下發了《關於全面清理整頓外出或外來務工人員收費的通知》。《通知》規定：取消未經國務院和省、自治區、直轄市政府及所屬財政、價格主管部門批准的行政事業性收費項目，對符合規定權限和程序設立的行政事業性收費，也要重新審核。除證書工本費外，各地和有關部門針對進城務工人員設立的暫住費、暫住（流動）人口管理費、計劃生育管理費、城市增容費、勞動力調節費、外地務工經商人員管理服務費、外地（外省）建築（施工）企業管理費等收費項目一律取消；為進城務工人員提供經營性服務的收費必須符合自願有償原則，堅決糾正強行服務、強制收費的行為。2002年，全國累計取消了暫住費、暫住（流動）人口管理費、計劃生育管理費、城市增容費、勞動力調節費、外地務工經商人員管理服務費、外地（外省）建築（施工）企業管理費等120多項收費，當年減輕務工人員負擔50億元。

　　2004年，針對清理整頓中存在的一些矛盾和問題，財政部發佈了《關於規範收費管理促進農民增加收入的通知》，要求各地繼續清理和取消針對農民進城就業的不合理收費，切實保障進城就業農民的合法權益。主要包括：對進城就業的農民除每證收取最高不超過5元的暫住證工本費和流動人口婚育證明工本費外，其他專門面向進城就業農民的行政事業性收費項目，如對農民工收取的健康證工本費、審查費、工資管理費、臨時工管理費、勞動力管理費、調配費、衛生費等，一律取消，並清退向農民違規收取的款項；嚴禁向進城就業農民或農民工所在單位收取治安聯防費等。

　　在此基礎上，根據黨中央、國務院有關指示精神，2004年財政部、發展改革委發佈了《關於公佈取消103項行政審批等收費項目的通知》，明確要取消針對農民工收取的《流動人口婚育證明》工本費；發展改革委、財政部等9部委聯合發佈了《關於進一步清理和取消針對農民跨地區就業和進城務工歧視性規定和不合理收費的通知》，明確除法律法規規定的外，各地設立的針對農民跨地區就業和進城務工的各種行政許可和非行政許可審批事項，一律取消；按法律法規規定保留的涉及農民跨地區就業和進城務工的手續，要按照"規範程序、公開透明、方便辦理"的原則進行簡化。（發展改革委、財政部提供）