2006年，水利部在水利資金預算管理中以為可持續發展水利提供資金保障和不斷提高水利資金的安全效益為目標，重點抓“過程管理”和“規則執行”兩個主要環節，實現由粗放向集約、由規模向效益、由守財向理財、由單一環節向全過程管理四個轉變，在水利資金預算管理體制、機制建設方面加大了工作力度。

    一是把好立項審查關。在嚴格行政審查的基礎上，引入專家評審制度，在預算審查編制過程中建立起“專家評審、行政決策、群眾監督”的決策新機制。總投資財政撥款100萬元以上的新增項目必須編制詳細的可行性報告，並提交給業務專家和財務經濟專家組成的專家組審查。通不過審查的項目，行政上不予立項。

    二是嚴格細化預算關。為嚴格預算，在項目支出預算管理制度中明確規定項目在立項後要按規定的內容和要求細化預算，明確項目具體實施方案。在實際操作中，水利部2006年的全部預算項目都編制了詳細的年度實施方案，並作為項目執行和開展監督檢查、項目驗收、績效考評工作的依據。

    三是規範項目驗收關。制定頒發《水利部重大項目驗收工作指南》，規定所有的項目在年度終了和完成後都必須提交項目執行情況總結和最終成果，100萬元以上的項目完成後要進行專家驗收。建立並充實部級項目成果庫匯總全部項目成果並向行業內公開，以促進項目成果的交流和轉化。

    四是建立績效考評關。繼續實行項目績效考評試點。選擇部分項目進行績效評價試點，在考評過程中進一步完善考評程序、建立優化績效指標，並建立項目預算安排與項目執行效果評價有機聯絡的績效評價機制，切實提高預算資金使用的有效性。五是建立水利資金管理責任制度。印發《中央水利資金管理責任制度（試行）》，建立、落實資金管理分級負責制和崗位責任制，在決策者、管理者、使用者、監督者之間，明確責任點，界定分解管理責任，保證資金合法、有效使用，提高使用效益。（水利部提供）