伴隨著農村稅費改革進入農村綜合改革的新階段，農村改革的核心內容由農村稅費改革時期的規範農村稅費制度、理順農村分配關係轉為以鄉鎮機構、農村義務教育、縣鄉財政管理體制改革為主要內容的上層建築變革。2006年9月，全國農村綜合改革工作會議在北京舉行，標誌著農村綜合改革工作步入了新階段。