牽頭與國家發改委等有關部門研究制訂財政投資的有關政策，參與項目安排；負責管理國家物資、糧食、棉花、食糖、醫藥等專項儲備資金和政策性補貼；會同分管部門（單位）研究提出經費開支標準、定額、年度預算和專項資金支出預算建議；負責監督分管部門（單位）預算的執行；對專項資金追蹤問效，檢查項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目的效益考核；制訂部門（單位）和項目資金使用的財務管理辦法；審核和批復分管部門（單位）的年度決算等。