經國務院批准，“國家轉基因植物研究與産業化”專項于1999年啟動實施，中央財政投入5.1億元，部門、地方和社會配套投入3.2億元，重點開展功能基因克隆、轉基因新産品培育和産業化、轉基因植物安全性評價以及轉基因研發能力建設等工作。科技部和財政部會同農業部、教育部、衛生部、中國科學院、質檢總局、環保總局、林業局以及地方科技部門，組織全國的轉基因優勢力量，于2006年底超額完成了專項目標和任務，取得了巨大的科技、經濟和社會效益。

    一、轉基因科技達到國際先進水平，在發展中國家處於領先地位

    1. 植物重要功能基因克隆取得重要進展，掌握了轉基因植物研究與産業化發展的主動權。統計顯示專項實施7年來，已自主克隆重要功能基因418個。其中，抗蟲相關基因46個、抗病相關基因57個、抗非生物逆境基因162個、生長髮育相關基因78個、品質與高産相關基因71個、抗除草劑基因4個。共申請專利295項，其中公開52項，進入實審22項，授權9項。在這些基因中，已有轉化植株並將對植物優質、高産、抗逆及生長髮育調控等具有重要應用前景的功能基因46個。其中水稻分蘗基因MOC1的研究成果發表在《Nature》雜誌上，耐低鉀脅迫相關基因克隆方面的研究成果發表在《Cell》雜誌上，在國際上産生了重要的影響。

    2．轉基因技術創新取得了一批標誌性成果，奠定了轉基因産業化發展的技術基礎。專項在基因高效轉化、選擇標記基因刪除技術、目的基因産物定時降解技術、大豆葉綠體轉化技術、植物組織特異性優勢表達技術等轉基因技術方面取得了一批重要成果，共申請國家發明專利96項，其中公開16項，進入實審14項，授權8項。特別是在多基因轉化技術方面的研究成果達到國際領先水平，相關研究成果發表在《PNAS》等國際著名雜誌上；“棉花規模化轉基因技術”優化了棉花轉基因技術體系，大大提高了轉化效率，獲得2006年國家科技進步二等獎。這批成果大大提升了我國轉基因技術水平和國際影響力。

    二、轉基因抗蟲棉産業化取得巨大的經濟效益，初步具備主要作物的轉基因産業化能力

    1. 轉基因抗蟲棉産業化創經濟效益150億元以上，併為農民增收、棉紡工業發展和生態環境改善作出重大貢獻。在專項的支持下，培育了轉基因抗蟲棉新品種55個。截至2005年，國産抗蟲棉佔我國抗蟲棉市場份額由1998年的5％增長到70%，已累計推廣1億多畝，其中黃淮海和長江流域兩大棉區已基本實現轉基因抗蟲棉的推廣種植，直接為棉農帶來收益150億元。抗蟲棉的推廣應用，提高了優質棉花生産率，為促進我國棉紡織品出口、減少優質原棉進口而帶來間接經濟效益200多億元。同時，使棉農因防治棉鈴蟲而導致的中毒事件降低了70%—80%，每年減少化學農藥用量2000—3000萬公斤，相當於我國化學殺蟲劑年生産總量的7.5%左右。

    2. 獲得了一批優質、高抗的轉基因作物育種新材料，為轉基因植物産業化提供了充分的品種儲備。創制了優質、抗病、抗蟲、抗旱、耐鹽、抗除草劑轉基因植物新品種、新品係和新材料20925份，共有473份新品係和新材料獲准進行生物安全性評價，其中商業化生産58例，環境釋放114例，中間試驗199例，生産性試驗102例。轉基因741楊通過了商品化生産審批，已推廣4000余畝，並獲2004年度國家發明二等獎。專項不僅為我國轉基因植物研究和産業化的發展奠定了良好的基礎，而且為我國農作物品種更新換代、農業結構調整以及國家生態環境建設提供了充足的品種儲備。

    三、轉基因植物研發能力建設取得突出成效

    1. 完成了兩個國家植物基因研究中心、兩個國家轉基因植物中試與産業化基地的建設任務。專項分別在北京、武漢建成了國家植物基因研究中心，在吉林建成了國家玉米、大豆轉基因中試與産業化基地，在河南建成了國家棉花轉基因中試與産業化基地。2個中心和2個基地的儀器設備和實驗條件達到了國際一流水平，運行良好，已成為我國轉基因植物研究與産業化的排頭兵，為提升我國轉基因植物研究和産業化水平發揮了重要作用。在專項支持下，我國轉基因研究和産業化優勢單位裝備水平已得到顯著改善，併為國家“轉基因生物新品種培育”重大專項的實施奠定了較好的設備條件。

    2. 培養了一批轉基因植物研究及産業化的主力軍，為我國今後轉基因研發提供了充足的人才戰略儲備。專項實施以來，吸引了一批國外的優秀人才回國工作，培養高級人才980人、研究生2476人，形成了一支具有國際競爭力的轉基因植物研發隊伍。同時，通過專項的實施，一大批從事轉基因研究的中青年科學家嶄露頭角，為我國在未來轉基因研發和産業化的全球競爭中提高了充足的人才戰略儲備。