一、辦公廳

    負責機關文電、會務、機要、保密、信訪、檔案等日常運轉工作；負責政務值班、政務協調、政務督查、政務信息和政務公開等工作；負責部機關財務和國有資産管理工作。

    二、政策研究室

    負責綜合交通運輸發展重大問題和部重大政策研究，組織開展行業有關宏觀政策研究工作；負責綜合交通運輸體制改革有關工作，指導公路、水路行業有關體制改革，指導地方交通運輸體制改革；負責新聞宣傳和重要文件、綜合性報告起草等工作。

    三、法制司

    負責組織起草綜合交通運輸法律法規草案，統籌鐵路、公路、水路、民航、郵政相關法律法規草案的起草工作；負責立法規劃和協調工作，組織起草公路、水路法律法規草案和規章；負責機關有關規範性文件的合法性審核工作；負責相關行政執法、行政復議和行政應訴工作；指導行業節能減排工作。

    四、綜合規劃司

    負責組織擬訂綜合交通運輸發展戰略和政策，組織編制綜合交通運輸體系規劃；負責擬訂鐵路、公路、水路發展戰略、政策和規劃，統籌銜接平衡鐵路、公路、水路、民航等規劃，指導綜合交通運輸樞紐規劃，負責有關規劃和建設項目的審核工作；負責參與擬訂物流業發展戰略和規劃，提出有關政策和標準；負責提出鐵路、公路、水路固定資産投資規模和方向、國家財政性資金安排意見並監督實施，按國務院規定權限審批、核準國家規劃內和年度計劃規模內固定資産投資項目；負責組織編制港口規劃和岸線使用審查工作；負責有關環境保護、利用外資工作；負責綜合交通運輸統計工作，監測分析交通運輸運行情況，發佈有關信息；負責國防動員、交通戰備工作。

    五、財務審計司

    負責公路、水路行業有關投融資政策擬訂工作，參與鐵路投融資體制改革和有關政策擬訂工作；負責專項資金、交通規費、預決算、政府採購、外匯、信貸等財務管理工作；負責公路、水路國家重點基本建設項目的績效監督和管理工作；負責部機關及直屬單位財務和國有資産監督管理及內部審計工作。

    六、人事教育司

    負責機關和直屬單位的幹部人事、機構編制、勞動保護和衛生監督工作；負責指導交通運輸行業人才隊伍建設工作；負責公路、水路行業教育管理工作；負責有關智力引進和對外勞務合作工作；負責部業務主管社會團體相關事務。

    七、公路局

    負責公路建設市場監管工作，擬訂公路建設、維護、路政、運營相關政策、制度和技術標準並監督實施；負責國家公路網運行監測和應急處置協調工作；負責國家重點公路工程設計審批、施工許可、實施監督和竣工驗收工作；負責公路標誌標線管理工作；負責指導農村公路建設工作；負責起草公路有關規費政策並監督實施。

    八、水運局

    負責水路建設和運輸市場監管工作，擬訂水路工程建設、維護、運營和水路運輸、航政、港政相關政策、制度和技術標準並監督實施；負責國家重點水路工程設計審批、施工許可、實施監督和竣工驗收工作；負責港口、航道及設施、通航建築物、引航管理工作；負責船舶代理、理貨、港口設施保安、無船承運、船舶交易等管理工作；負責國際和國境河流運輸及航道管理工作;負責起草水路有關規費政策並監督實施；負責對臺運輸管理工作；負責組織協調國家重點物資運輸和緊急客貨水路運輸；負責起草港口安全生産政策和應急預案，組織實施應急處置工作。

    九、運輸司

    負責擬訂綜合交通運輸基本公共服務標準並監督實施，承擔協調與銜接工作；負責指導綜合交通運輸樞紐管理；負責指導城鄉客運及有關設施的規劃、運營管理工作；負責城鄉道路運輸市場監管，負責運輸線路、營運車輛、樞紐、運輸場站等管理工作；負責指導城市客運管理，擬訂相關政策、制度和標準並監督實施；負責指導公共汽車、城市地鐵和軌道交通運營、出租汽車、汽車租賃等工作；負責擬訂經營性機動車營運安全標準，指導車輛維修、營運車輛綜合性能檢測管理，參與機動車報廢政策、標準制定工作；負責機動車駕駛員培訓機構和駕駛員培訓管理工作；負責跨省客運、汽車出入境運輸管理；按規定負責物流市場有關管理工作；負責組織協調國家重點物資運輸和緊急客貨道路運輸；負責起草有關道路運輸安全生産政策和應急預案，組織實施應急處置工作；指導有關道路運輸企業安全生産監督管理工作。

    十、安全與質量監督管理司

    負責組織擬訂公路、水路安全生産和工程建設質量監督管理政策、應急預案並監督實施；負責指導有關安全生産體系建設，負責有關公路、水路重點工程建設項目質量、安全生産的監督管理工作；負責按部規定組織協調有關事故調查處理工作；負責有關公路、水路運輸企業安全生産監督管理工作；負責部安全信息統計、分析等工作；負責部安委會辦公室的日常工作。

    十一、科技司

    負責組織擬訂綜合交通運輸標準，協調銜接各種交通運輸方式標準；負責組織擬訂公路、水路行業科技、信息化政策並監督實施；負責組織協調有關重大科技項目研究；負責有關標準、産品質量和計量工作。

    十二、國際合作司（港澳臺辦公室）

    負責擬訂公路、水路國際合作交流政策和相關事務，承擔有關外事工作；負責組織有關國際公約的履約和協定的執行工作；負責對港澳臺合作交流相關事務；統籌協調交通運輸國際合作與交流有關事項。

    十三、公安局

    負責指導航運、海事、港口公安工作，管理交通直屬公安隊伍。公安局列入公安部序列，由交通運輸部、公安部雙重領導，黨政工作以交通運輸部領導為主，公安業務工作以公安部領導為主。

    機關黨委。負責機關及在京直屬單位黨的工作；負責按有關規定管理國家鐵路局、中國民用航空局、國家郵政局機關黨的工作。

    離退休幹部局。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。

    中國海上搜救中心（中國海上溢油應急中心）。與交通運輸部應急辦公室合署辦公。負責國家海上搜救、重大海上溢油部際聯絡會議的日常工作；負責組織、協調和指揮重大海上人命搜救、船舶污染事故和重要通航水域清障等應急處置工作，負責國家海上搜救應急反應機制有關具體工作；負責防抗海盜有關工作；負責牽頭組織編制國家重大海上溢油應急處置預案並組織實施，負責組織、協調、指揮重大海上溢油應急處置等有關工作；負責組織擬訂公路、水路應急預案並監督實施，指導有關應急處置體系建設；負責公路、水路重大突發事件處置的組織、協調和指揮工作；負責部應急信息統計、分析等工作。