近年來，隨著我國社會主義市場經濟的不斷深入和發展，一些具有一定實力的跨國企業為了佔領市場，紛紛在我國各地設立分公司，實現跨區域經營。跨區域經營企業的增多，給稅務機關日常稅收管理帶來了挑戰。各級稅務機關按照科學化、精細化管理的要求，積極應對挑戰，採取有力措施，建立健全聯合稅務審計機制，使我國涉外企業稅收管理水平邁上新臺階。

    一是探索和建立有效的跨區域經營企業的稅收管理模式。針對企業總分機構在會計上分別實行獨立核算，在所得稅繳納方式上實行各分支機構向總機構報送會計報表，由總機構合併會計報表後匯總繳納企業所得稅，造成總機構所在地稅務機關在日常管理中難以了解和監控各地分支機構的財務和納稅情況，而各分支機構所在地的稅務機關偏重流轉稅的審核，總分機構稅務機關之間缺乏信息反饋機制，出現稅務機關管理的漏洞的問題，國家稅務總局制定下發了《涉外企業聯合稅務審計暫行辦法》，明確了對跨區域經營並實行匯總（合併）繳納企業所得稅的涉外企業實施聯合稅務審計。從而，以稅務審計為突破口，進一步規範涉外企業稅務的管理手段和方法，提高稅收管理的質量和效率。

    二是對跨區域經營涉外企業實施跨區域聯合稅務審計。2004年，總局直接牽頭組織實施首戶涉外企業所得稅聯合稅務審計工作，在相關8個省市稅務局通力合作下取得了較好的成效，除調增應納稅所得額1796萬元,查補入庫企業所得稅、滯納金合計686萬元外，更重要的是為建立有效的跨區域經營企業稅收管理模式取得了寶貴的經驗。目前，在總結該戶企業聯合稅務審計工作經驗的基礎上，總局又組織實施對另外兩戶涉外企業的跨省市聯合稅務審計。並且，各省市稅務局均按照聯合稅務審計辦法，積極嘗試和探索，通過加強區域間的稅收管理協作，提高稅收徵管效率。

    三是對在同一地區經營的涉外企業實施國稅局、地稅局聯合稅務審計。對國稅和地稅部門共管的涉外企業，在《涉外企業聯合稅務審計辦法》中確立了對共管戶進行聯合稅務審計的工作機制。各級稅務機關按照《涉外稅務審計規程》，根據自身實際採取有效措施，例如在組織上成立“涉外企業聯合稅務審計領導小組”，在工作上建立統一領導、統一部署、統一選戶、統一審計、分別處理的“四統一分”原則，強化了內部管理與協作，有效地遏制了多頭下戶現象，大大降低了稅收遵從成本，提高了納稅服務水平和工作效率，受到納稅人歡迎。

    四是聯合稅務審計工作的開展取得良好效果。一方面，按照科學化、精細化管理的要求，強化了對涉外企業的稅源管理，保障了稅收收入。對跨區域經營並實行匯總繳納企業所得稅涉外企業的跨省市聯合稅務審計，由國家稅務總局直接組織實施，並授權總機構主管稅務機關委託各分支機構主管稅務機關實施同期審計，有效地促進了總、分支機構稅務機關的協作配合、信息共享，有助於把握稅收政策和審計口徑的一致性。另一方面，優化了納稅服務，提高了納稅人稅法遵從度，密切了稅企關係。涉外稅務審計的結論比較公正、程序比較規範、技術比較先進，通過規範化的稅務審計，可以對企業業務流程、財務核算和業務管理等內控制度進行復核、測試，以及動態分析，幫助企業發現自身管理存在的問題，併為企業改進管理和正確履行納稅義務提出有針對性的建議，這種審計方式得到了企業的認可和配合。特別是聯合稅務審計工作實現了稅務管理內部橫向和縱向的聯合，加強了各級稅務機關之間審計技術的交流，規範了稅務機關間的協作配合，使稅務審計人員開拓了思路，提高了稅務審計技能，增強了實際操作能力，提高了稅務幹部的業務素質。