2006年，商務部繼續實施“萬村千鄉市場工程”。商務部已完成對各地商務主管部門報送的2006年“萬村千鄉市場工程”實施規劃的核準工作。截止到6月底，共核準1817個試點縣，備案2287個試點企業，分別比2005年增加134％和98.9％。目前，全國2862個縣級單位中，已有63％的縣（市區）參加“萬村千鄉市場工程”試點。

　　各地的試點規劃呈現出以下特點：

　　一是各地參加試點的積極性高。2006年，西藏自治區首次報送了“萬村千鄉市場工程”實施規劃。在全國申請加入試點的1837個縣（區市）中，新申請加入的縣（區市）有1075個，佔58.5％；在申請加入試點的2624家企業中，新申請加入的企業1813個，佔69.1％。河南省申請加入試點的145個企業中，有107個為新申請加入的企業，佔申請加入試點企業數的73.8％。

　　二是各地區規劃網點數大幅增加。按照各地上報的農家店建設規劃數進行匯總，2006年全國各地共規劃建設農家店25.9萬個, 是2005年驗收合格農家店數的4.31倍，其中擬建設村級店21.4萬個,鄉級店4.5萬個；擬建配送中心1.1萬個。山東、河南、江西、黑龍江、河北、四川、湖南等7省擬建農家店數超過1萬個。

　　三是農資企業及郵政物流企業積極參與。2006年有624個農資企業成為“萬村千鄉市場工程”試點企業，佔試點企業總數的27.3%，比2005年提高了近10個百分點。郵政物流企業也積極參與“萬村千鄉市場工程”，有13家郵政企業成為試點企業，比2005年增加了9家，擬建農家店3000個，比2005年郵政試點企業建設的合格農家店數增加了51.5％。

　　四是試點企業實力有所提高。2006年“萬村千鄉市場工程”試點企業註冊資本均在100萬元以上，平均註冊資本為851萬元。試點企業實施2006年“萬村千鄉市場工程”，計劃總投資240億元，其中貸款140億元。