近年，福建省實施了全省環境監測體系一、二期工程，各級環境監測站儀器設備總值從2000年約0.4億元增至目前的2.3億元。目前，全省已經建立了三個水環境監測監控體系。

    一是流域水環境監測體系。在主要水系設置134個省控監測斷面，在117個主要水源地布設省控監測點，在主要湖庫和城市內河分別設置了11個、29個省控監測點（斷面）。在重點流域的設區市交界斷面、入海斷面建設了10個水質自動監測站，實施連續自動監測。各市、縣（區）也分別設置市、縣控監測斷面分級監測。

    二是重點污染源監測體系。在152家省重點排污單位安裝了在線監控設備，進行連續在線監控，並將監控信號聯網至省環保局。

    三是環境應急監測體系。省、市、縣三級環境監察機構新配備了近百部環境監察車輛，省環境監測中心站和福州、廈門、泉州、漳州、龍岩市還配備了環境應急監測車；各級環保部門制定了突發環境事故應急預案，開展應急演練，基本形成了覆蓋全省的應急監測網絡。