為了推動兩岸海上直航，落實海協會與台灣海基會簽署的《海峽兩岸海運協議》，財政部、國家稅務總局日前聯合發佈《財政部國家稅務總局關於海峽兩岸海上直航營業稅和企業所得稅政策的通知》，明確自2008年12月15日起，對取得交通運輸部頒發的“台灣海峽兩岸間水路運輸許可證”且公司登記地址在台灣的航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，分別免徵營業稅和企業所得稅。這是大陸繼2007年出臺對福建沿海與金門、馬祖、澎湖“小三通”海上直航業務免徵有關稅收後，對兩岸三通出臺的又一利好的稅收政策。