2011年11月4日，衛生部與新疆維吾爾自治區人民政府在京簽訂合作協議，共同建設新疆醫科大學，進一步深化衛生援疆工作。衛生部副部長劉謙和新疆維吾爾自治區副主席鐵力瓦爾迪·阿不都熱西提簽署《衛生部、新疆維吾爾自治區人民政府共建新疆醫科大學協議書》並致辭，中國醫學科學院（北京協和醫學院）、新疆醫科大學簽署《對口支援框架協議書》。新疆維吾爾自治區人民政府副主席靳諾、中國醫學科學院（北京協和醫學院）院校長劉德培、新疆醫科大學黨委書記李斌等同志出席簽字儀式。

    長期以來，衛生部高度重視和關心支持新疆衛生事業的發展，在對口支援、衛生項目安排和資金支持等方面給予了大力支持。特別是中央新疆工作座談會召開後，衛生部進一步加大援疆工作力度，近年來，先後兩次召開全國衛生系統對口支援新疆衛生工作會議，組織協調有關方面建立了高效暢通的工作機制，形成了工作合力，大力支持新疆衛生事業跨越式發展。

    新疆醫科大學承擔著全區醫療衛生人才培養、醫療科研和醫療衛生服務，提高邊疆各族人民群眾醫療保健水平的重任。加強新疆醫科大學建設，對加快培養民族地區衛生人才和提高醫學科研能力，為深化醫藥衛生體制改革提供強有力的人才和技術保障，促進新疆衛生事業跨越式發展具有重要的意義。協議簽訂後，衛生部與新疆維吾爾自治區人民政府將通過建立共建合作和對口支援機制，重點支持新疆醫科大學重點實驗室和重點學科建設、新疆特高發疾病防治研究、全科醫師培訓基地和西部地區住院醫師規範化培訓中心建設、民族醫學發展、衛生信息化建設等，全面提高新疆醫科大學的教學、醫療、科研、人才培養等水平，使之成為新疆維吾爾自治區，乃至西部地區衛生事業發展的重要支撐。