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煙草局:中國煙草基因組數據庫(1.0版)開放運行
中央政府門戶網站 www.gov.cn   2012年03月19日 09時48分   來源:煙草局網站

    3月15日,中國煙草基因組數據庫(1.0版)面向行業開放運行。中國煙草基因組數據庫的開放運行,標誌著煙草基因組計劃重大專項取得了新的進展。

    中國煙草基因組數據庫設在國家煙草基因研究中心,由國家煙草基因研究中心負責數據庫管理和維護。數據庫儲存了去年底繪製的絨毛狀煙草和林煙草全基因組序列圖譜的所有原始數據以及基因註釋結果,總數據量將近7T。這兩張序列圖譜是目前已知植物基因組序列圖譜中基因組最大、組裝精度最高、組裝結果最好的2個圖譜,染色質區覆蓋度達到95%以上,基因區覆蓋度達到98%以上,contig N50超過30Kb,scaffold N50超過1100Kb,全面達到國際公認高質量精細圖譜標準。同時,數據庫還開發了Blast、GBrowse、ClustalW、CAP3等工具,能夠實現序列相似性比較、基因組瀏覽、多序列比對、序列拼接等生物信息學分析,可對35852(絨毛狀煙草)和31670(林煙草)個預測基因及註釋結果進行檢索和查詢。

    隨著煙草基因組計劃重大專項的持續推進,中國煙草基因組數據庫後續將不斷地進行功能升級和擴展改版。栽培煙草全基因組序列圖譜、煙草核心種質重測序、煙草連鎖圖譜等數據都將儲存到中國煙草基因組數據庫。同時,重大專項産生的煙草代謝組學、煙草突變體庫等信息數據也將納入到中國煙草基因組數據庫中來,形成統一的生物信息學分析平臺,對後續煙草基因組計劃重大專項的深入開展提供數據和技術支持。 

 
 
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