根據國務院關於三峽工程2006年汛末蓄水156米的批示，以及國家防汛抗旱總指揮部和長江防汛總指揮部關於156米蓄水期三峽水庫水位調度控制意見，三峽工程于9月20日22時開始啟動156米蓄水，比初步設計蓄水計劃提前一年。

    此次三峽蓄水將採取分階段抬高水位的方式，根據蓄水安排，三峽水庫壩前起調水位為135.7米，9月25日前壩前水位不超過144米，9月30日壩前水位不超過148米，在148米水位時暫停蓄水兩天，開展安全監測各項工作，然後繼續蓄水10月中旬達到156米。蓄水方案統籌兼顧了防洪、發電、航運調度，統籌兼顧了社會效益、生態效益和經濟效益，統籌兼顧了上遊地質災害防治和下游供水，並始終把防洪、下游供水等社會效益放在首位。為滿足三峽水庫下游用水需求，9月下旬水庫下泄流量按不低於8000立方米/秒控制，當遇下游水位特低情況，可視下游用水需求對下游適當補水；當入庫流量超過46800立方米/秒時，三峽水庫按遭遇大洪水情況，實行保樞紐工程安全的調度方式運行。

    按照初步設計要求，三峽工程總工期為17年，分圍堰擋水發電、初期運行和正常運行三期建設，三峽水庫水位分別蓄至135米、156米和175米。156米蓄水完成後，三峽水庫將具有防洪庫容110億立方米，已投産的14台機組發電出力達到額定的70萬千瓦，電站的發電量以及調峰能力都將有較大提高，可向電力系統提供穩定的電能。提前一年蓄水至156米，三峽電站將多發電78.50億千瓦時。同時，三峽工程將發揮更大的航運效益。自三峽壩址三斗坪以上，航道改善里程將達到570公里，比135米蓄水高程延伸140公里左右，重慶長壽以下的涪陵、萬州等港口水深條件將大為改善，成為深水良港。

    為了確保三峽工程蓄水順利進行，中國三峽總公司組織成立了三峽水庫156米蓄水領導小組，負責協調蓄水期間的水調、電調、航運、漂浮物處理等事項，蓄水過程中將密切關注來水變化，加強對樞紐和水庫的監測，確保蓄水安全。