10月2日，海南省“9·29”應急救援總指揮部與廣東省工作組緊急協調工作會議發佈信息：要盡最大努力搜救倖存漁民，搜救船隻增至34艘、搜救飛機增至10架，除繼續在1.1萬平方公里海域加緊搜救外，搜救空域擴大到1.8萬平方公里，並將搜救方向從南北雙向調整為東北至西南雙向。新確定的搜救海區比原搜救區域向西、東、北分別擴大了5、20、25海裏。
10月2日上午，863船共出動潛水員4批12人次，對海上傾覆漁船和筏子進行了水下探摸排查，並對附近海區的油桶、小筏等漂浮物進行了打撈和檢查。11時，晉卿島18名獲救漁民抵達琛航島。12時，擔負轉移後送獲救遇險漁民的海軍991艦抵達琛航島。經與海南省政府、南海區漁政局協調，991艦計劃2日17時搭載滯留琛航島上的293名獲救漁民和4具遇難者遺體，送往三亞交地方有關部門安置。海軍已成功救助和安置漁民329人，仍有58名漁民下落不明。
此外，海軍部隊10月2日命令正在返航途中的和平方舟醫院船，緊急趕赴西沙海域執行搜救遇險漁民的任務。
