１９９２年，海協會與海基會在香港就兩岸事務性商談中如何表述堅持一個中國原則的問題進行討論，後來形成“九二共識”，為海協會和海基會的商談奠定了基礎。

    １９９３年４月，海協會會長汪道涵和海基會董事長辜振甫在新加坡舉行會談，這是自１９４９年以來兩岸高層人士首次以民間名義進行的公開會晤。這次會晤建立了兩岸制度化協商的機制，標誌著兩岸關係邁出了歷史性的重要一步。“汪辜會談”簽署了《汪辜會談共同協議》等４項協議，推動了兩岸經貿往來和民間交流的發展。此後，雙方又舉行了２０多次不同層級的商談以及１９９８年在上海舉行的“汪辜會晤”。這一期間兩會協商取得的成果，受到了兩岸同胞的歡迎和國際社會的肯定。

    １９９９年李登輝拋出“兩國論”後，兩會商談被迫中斷。

    ２００８年６月，海協會與海基會在北京展開商談。陳雲林就繼續推進兩會協商交往提出三點意見。海協會與海基會就雙方互設辦事處達成共識。兩會領導人簽署兩岸包機會談紀要與大陸居民赴台灣旅遊協議。這是兩會領導人十年來的首次會談，標誌著中斷九年的兩會制度化協商正式恢復。

    ２００８年１１月４日，海峽兩岸關係協會會長陳雲林與台灣海峽交流基金會董事長江丙坤在台北舉行會談。雙方就兩岸空運直航、海運直航、郵政合作、食品安全等議題進行了商談，就繼續促進大陸居民赴台灣旅遊、合作應對國際金融危機、加強兩岸經濟交往開展了對話，並就下一階段兩會協商議題、加強會務聯絡、開展交流合作等事宜交換了意見。

     四項議題取得重要共識

     兩會簽署四項協議 兩岸“三通”大步邁進

    ２００９年４月２６日，海峽兩岸關係協會會長陳雲林與台灣海峽交流基金會董事長江丙坤在南京紫金山莊舉行兩會恢復協商以來的第三次會談。雙方就兩岸空中定期航班、兩岸金融合作、兩岸共同打擊犯罪及司法互助等議題進行了商談，就大陸資本赴臺投資事宜交換意見，並討論了下半年兩會協商議題規劃、加強會務聯絡與交流合作等事宜。

     海峽兩岸金融合作協議

     海峽兩岸空運補充協議

     海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議