坐落于衛城東南山腳下。2004年11月開工建設，2009年竣工，總耗資1.3億歐元。博物館展覽面積達2萬平方米，展出約4000件藏品，主要為衛城及其周邊地區的考古發現和文物。

上世紀80年代，希臘政府正式要求英國歸還19世紀被時任英國駐奧斯曼帝國大使埃爾金勳爵從雅典衛城掠奪、自1816年起由大英博物館保存的大理石嵌板浮雕和雕像，但英方一直以原衛城博物館不具備保存和展覽這批珍貴文物的條件為由拒絕歸還。隨著新文物不斷出土和追逃“埃爾加大理石”工作的展開，希臘政府決心修建新博物館，並在新館中為這些追討的文物預留了位置。後大英博物館曾提議把這批雕塑租借給希臘3個月喚去希方對大英博物館雕塑所有權的承認，希臘政府斷然拒絕。

博物館由瑞士裔建築師茨楚米與希臘本地設計師扶提阿蒂斯合作設計。外觀由若干三角形和長方形的建築立面組成，主要有玻璃和混凝土建成，巧妙地結合了古老和現代化元素。在博物館頂層，可透過玻璃幕墻遙望300多米外的衛城本身，感受歷史與現實的交融。博物館于2009年6月20日正式開放。