2009年7月6日，衛生部召開京內部屬（管）單位主要領導、專項治理辦公室主任、財務處長和部機關各司局綜合處負責人等150 余人參加的“小金庫”專項治理和財務重點檢查部署工作會。部治理“小金庫”和財務檢查領導小組辦公室成員、規劃財務司副巡視員王玉洵同志主持會議，部治理“小金庫”和財務檢查領導小組辦公室成員、規劃財務司副司長何錦國同志通報了今年4月份以來，衛生部黨組及各部屬（管）單位開展“小金庫”專項治理和財務檢查工作的進展情況。主要是部黨組高度重視，主要領導親自批示；各單位積極行動，週密部署，全面動員；成立領導小組和工作機構，研究細化工作方案，認真落實部門責任；採取多種形式，廣泛深入地開展宣傳工作；組織督導檢查，加大自查自糾力度；採取有效措施，推進專項治理。經過一個多月的自查自糾，“小金庫”專項治理和財務檢查取得了階段性明顯成效。一是對“小金庫”專項治理和財務檢查工作的認識顯著提高，自覺性不斷增強，為從源頭上治理“小金庫”奠定了思想基礎。二是部分存在“小金庫”的單位，通過自查自糾進行了清理。三是為下一步整改工作奠定了基礎。通過專項治理，梳理出財務管理的薄弱環節和存在的隱患，為整改工作提供了內容，確定了目標和方向。何錦國副司長指出,“小金庫”專項治理和財務檢查工作中存在的主要問題，一是工作開展不平衡，個別單位對專項治理認識不到位，工作力度不夠。二是財務管理仍有漏洞，監督管理不到位。三是思想意識有淡化傾向，存在“年年查，年年清”的厭煩情緒，宣傳教育尚需加強。

    中央治理“小金庫”重點檢查組成員李冬生同志宣讀了進駐衛生部進行重點檢查的通知。明確提出此次重點檢查將與規範津貼補貼、經費來源核查、行政事業單位預算資産財務綜合檢查、清理向企業轉嫁、攤派、報銷費用，以及行政事業單位使用假發票治理等工作相結合，必要時將追溯以前年度或延伸檢查有關單位。中央治理“小金庫”檢查組組長、衛生藥品審計局局長錢嘯森到會做了重要講話，他首先宣佈中央檢查組從即日起進駐衛生部，開始對衛生部及部屬（管）單位進行重點檢查，進駐前單位查出的問題仍按自查自糾政策執行，進駐後則屬於被查。他強調指出，重點檢查是“小金庫”專項治理的關鍵階段，是治理“小金庫”的保障和重要任務，是對自查自糾工作質量的檢驗，是為今後開展工作奠定基礎，也是自查自糾工作的進一步深化。重點檢查將嚴格執行“自查從寬，被查從嚴”的政策，要求被查單位要如實上報自查自糾情況，提供規定的材料資料和必要的工作條件。未被確定為重點檢查的單位要認真組織自查自糾“回頭看”，深挖細查。“回頭看”查出的問題仍按自查自糾政策執行。檢查組7月份對京內單位進行檢查，9月份將赴京外單位檢查。

    衛生部治理“小金庫”和財務檢查領導小組成員、部治理“小金庫”和財務檢查領導小組辦公室主任、駐部監察局局長王大方同志對重點檢查提出了明確要求，一是繼續做好“小金庫”專項治理和財務檢查工作，特別是未確定為重點檢查的單位要組織有效力量，深入部門進行重點檢查，一定要做實、做細、做到位，爭取通過自查發現問題，並及時進行糾正。二是積極配合中央和衛生部檢查組的工作，並提供必要的工作條件。三是加強溝通，及時上報工作情況，為專項治理推介典型經驗，指導工作。四是繼續加強宣傳教育工作。五是抓好整改落實階段的工作。他重點強調，“小金庫”問題的責任在領導，包括部門和科室領導，各單位要強化財務管理，要根據國家的財經政策，結合不同單位，分析“小金庫”産生和存在的不同原因，有針對性地分別健全管理制度。各單位領導要召開部門、科室負責人會議，將“小金庫”問題弄明白、講清楚、落實責任，努力從源頭上杜絕“小金庫”問題。

    會上還要求各單位對投資、出租、出借、食品外銷、護理服務、資産處置、收取的押金、科研課題、臨床觀察、委託業務、成果轉讓等的合同、協議、規定及收入處理等進行認真清理，發現問題，及時上報。