2012年6月8日，衛生部與內蒙古自治區人民政府在京舉行促進內蒙古衛生事業發展合作協議簽字儀式。衛生部部長陳竺，內蒙古自治區人民政府主席巴特爾出席簽字儀式並講話。衛生部副部長徐科，內蒙古自治區人民政府副主席劉新樂出席簽字儀式。

    陳竺在講話中指出，多年來，內蒙古自治區黨委、自治區人民政府貫徹落實科學發展觀，高度重視衛生改革發展，有序推進深化醫改五項重點工作，採取了“健康保障小藥箱”等一批深受各族群眾歡迎的醫改新舉措。各項衛生工作全面發展，尤其在提高基本醫療保障覆蓋面和大病保障水平、重大傳染病防控、提高農牧區醫療衛生服務水平等方面取得顯著成績，保障了內蒙古各族群眾的身體健康，也為城鄉和區域經濟社會協調發展、維護民族團結和邊疆穩定發揮了重要作用。

    陳竺指出，衛生部與內蒙古自治區人民政府簽署促進內蒙古衛生事業發展合作協議，是貫徹落實《中共中央、國務院關於深化醫藥衛生體制改革的意見》和《國務院關於進一步促進內蒙古經濟社會又好又快發展的若干意見》，緊密結合內蒙古自治區特點和實際需要，共同促進內蒙古衛生事業改革發展，促進內蒙古經濟社會又好又快發展的一項重要舉措，也將為推動全國衛生事業的整體發展發揮積極作用。衛生部將按照協議提出的目標和任務，結合內蒙古的實際需要，在政策、資金、項目及業務指導上，切實加大支持力度。

    巴特爾在講話中指出，內蒙古是我國最早成立的少數民族自治區，自然資源豐富，區位條件獨特，社會基礎較好。近年來，內蒙古緊緊抓住國家實施西部大開發和振興東北老工業基地等重大戰略機遇，深入貫徹落實科學發展觀，經濟社會發展取得比較明顯的進步，實現了由農牧業主導型經濟向工業主導型經濟的歷史性轉變，主要經濟指標從全國後列邁進中列，部分人均指標進入全國前列。

    巴特爾指出，醫療衛生是關係人民群眾切身利益的大事。近年來，內蒙古堅持富民與強區並重，把加快發展衛生事業擺在經濟社會發展的突出位置來抓，不斷加大投入力度，改善醫療衛生條件，加快衛生改革步伐，衛生事業發展取得長足進步。特別是通過最近三年的醫改，初步建立了基本醫療衛生制度框架，醫改成效正在逐步顯現，為實現人人享有基本醫療衛生服務的長遠目標奠定了堅實基礎。這次合作協議的簽署，為加快內蒙古衛生事業發展創造了新的重大機遇，必將極大地提升內蒙古醫療衛生服務能力，加快內蒙古醫改步伐，促進衛生事業以及經濟社會協調發展。

    2010年9月，衛生部與內蒙古自治區人民政府簽署了《人間布魯氏菌病聯合防治項目協議書》。在協議書框架下，經過近2年的共同努力，有效遏制了內蒙古人間布病疫情上升趨勢，大幅提高了急性期布病患者的發現率、規範治療率和治愈率，顯著降低了布病對當地農牧民群眾的危害，取得很好的效果和經驗。這次簽署的促進內蒙古衛生事業發展合作協議內容更加廣泛、重點突出、任務明確，根據協議，雙方將進一步在推動深化醫改，加強內蒙古公共衛生服務體系建設、醫療機構基礎設施及學科建設、新農合製度建設、衛生人才隊伍建設、衛生信息化建設、食品安全風險監測體系建設以及扶持蒙中醫藥事業發展，包括人間布魯氏菌病防治等多個方面進行合作。