6月3日，中央財政緊急撥付1000萬元應急搜救專項經費，支持“東方之星”客輪人員搜救工作。多地政府也迅速反應，派出工作組參與救援。

    山東省、市旅遊部門組成先遣工作組趕赴湖北。濟南、青島兩地緊急排查確定船上人員信息，第一時間聯絡家屬。6月3日，濟南市一位副市長率相關部門人員趕赴湖北，市旅遊局負責人與旅行社負責人陪同遊客家屬赴事故發生地處理相關事宜。青島市旅遊局在確認遊客信息後，已經協調旅行社按照名單聯絡遊客家屬，爭取儘快趕赴事發現場。

    2日下午，上海市一副市長率工作組抵達事發現場。據悉，乘坐“東方之星”遊客中，有107人在滬與上海協和國際旅行社等企業簽訂旅遊合同。協和旅行社註冊地閘北區政府已成立工作組，督促協和旅行社等做好旅客信息核實、家屬接待等善後工作。

    交通運輸部上海打撈局和東海救助局目前已派出24名救援人員，包括4名指揮人員、4名技術工程人員以及16名潛水員，攜潛水救援設備趕赴事發現場參加救援。

    天津市旅遊部門成立工作組，已于2日晚抵達事故發生地。同時天津航空公司抽調飛機，赴當地負責運送沉船事故救援人員及物資。

    事故發生後，天津航空公司緊急抽調一架飛機，從三亞地區運送救援人員及救援物資趕往事發地點。滿載2.7噸救援物資及54名救援人員含40名潛水員的該架飛機，已于2日18時18分抵達武漢。剩餘物資和救援設備搭乘天津航空航班，于18時21分從三亞起飛，並已于20時20分抵達武漢。

    2日23時，由天津市公安局治安管理總隊、人口管理辦公室等部門工作人員組成的工作組也已抵達湖北監利，協助核對乘客身份信息、安撫家屬。

    6月2日，南京市成立應急處置工作小組，成員包括公安、衛生、民政、旅遊、海事等多部門和涉及遊客的相關區政府，應急小組已核準和摸清事件涉及的南京101位遊客情況，相關部門和各區展開對家屬的救助、安撫等工作。南京市還成立赴湖北工作組，由一名副市長帶隊赴湖北配合做好現場救援、遊客家屬安撫工作。南京市要求各涉及乘客家屬的區要對每位乘客家庭成立“一對一”工作組，做好遊客家屬安撫救助。南京市部署衛生部門積極做好返南京遊客的醫療救治工作，市金融辦、市旅遊委協調江蘇省保監局做好理賠善後工作。