按照黨的十七大提出的人人享有基本醫療衛生服務的要求，黨中央、國務院制定發佈了兩個醫改文件，明確了新時期衛生工作的方向和重大方針政策。衛生部要求全國衛生系統全面理解醫改政策，將保護和增進群眾健康作為出發點和落腳點，堅持公共醫療衛生的公益性，著力加強公共衛生服務、醫療服務、基本醫療保障和藥品供應保障四大體系建設，把醫改作為現階段乃至較長時間內衛生工作的中心任務，全力推進。
當前，全國衛生系統要全力落實好五項重點改革任務。一是要鞏固和完善新型農村合作醫療制度。今後三年的工作重點是鞏固覆蓋面，提高保障水平，加強管理，方便群眾。要圍繞幾個方面狠抓落實：第一，鞏固新型農村合作醫療發展成果，將覆蓋率保持在90%以上。第二，逐步提高籌資水平，明年各級政府的補助達到人均120元，並適當提高農民個人繳費標準。第三，逐步將保障範圍向門診統籌延伸，調整起付線、封頂線和報銷比例，進一步減輕參合農民的費用負擔。同時，逐步提高統籌層次，逐步改革支付方式，改善服務，加強資金監管。
二是建立國家基本藥物制度。國家基本藥物制度是保障群眾基本用藥的重大制度創新，要使這項制度儘快取得實效，各級衛生部門將和政府有關部門通力協作，著力做好幾項工作：第一，按照國家發佈的《國家基本藥物目錄（2009版）》，行業主管部門要切實保證所有基本藥物的生産供應和質量安全。第二，以省為單位，對國家基本藥物實行規範的公開招標採購，降低採購價格。第三，建立向各級醫療衛生機構直接配送基本藥物的機制。第四，各省（自治區、直轄市）按照國家制定的基本藥物零售指導價格，確定本地區包含配送費用在內的基本藥物統一採購價格。同時，推進基本藥物合理使用，將基本藥物及時全部納入基本醫療保障體系藥品報銷目錄，報銷比例明顯高於非基本藥物。
三是加強基層衛生服務體系建設。通過三年努力，進一步健全體系，提升能力，改善質量，落實基層醫療衛生機構的公益性質。第一，按照國家確定的縣、鄉、村和城市社區衛生服務機構等建設規劃和標準，抓好建設項目，確保工程質量。第二，落實好基層衛生人才隊伍建設任務，通過免費定向培養、代償學費和助學貸款以及公費招聘執業醫師等措施，充實城鄉基層醫療衛生隊伍；通過城市大醫院的對口支援、縱向指導、在職培訓等方式，提高基層尤其是中西部地區基層醫療衛生人員的業務技術水平。要特別重視穩定和加強鄉村醫生隊伍，解決好對他們的補助和養老保障等待遇。同時，在落實政府投入政策的同時，推進管理和運行機制改革。積極轉變服務模式，貼近人民群眾的需要。加強績效考核，改善服務，提高效率。
四是逐步實現基本公共衛生服務均等化。公共衛生服務均等化是增進居民健康，實現衛生公平的重大舉措。從今年開始，全面推進幾項工作：第一，確保國家基本公共衛生服務項目免費向城鄉居民提供。初步確定今明兩年國家基本公共衛生服務項目有9類21項，各地要按照有關文件精神抓緊落實。第二，進一步增加國家重大公共衛生服務項目，在繼續實施結核病、艾滋病等重大疾病防控和國家免疫規劃、農村婦女住院分娩等重大公共衛生項目的基礎上，從今年開始，確定新增並加快實施“為8-15歲人群接種乙肝疫苗”、“燃煤污染型氟中毒防治工作”、“為農村育齡婦女孕前和孕早期免費補服葉酸”、“建設無害化衛生廁所”、“為貧困白內障患者開展復明手術”、“為農村婦女進行乳腺癌和宮頸癌早期篩查”等項目。第三，進一步加強公共衛生服務能力建設，提高防治重大疾病和應對突發公共衛生事件的能力。
五是積極穩妥地推進公立醫院改革試點。近期，衛生部將會同有關部門制訂推進公立醫院改革的試點方案，各地要按照方案要求，選擇試點地區和單位，在政府領導和相關部門配合下，儘快啟動試點工作。並著重抓好幾個環節：第一，合理調整公立醫院佈局和規模，落實區域衛生規劃和醫療機構設置規劃。第二，改革管理體制。探索在大部門體制下，建立權威、統一、高效的公立醫院管理體制，探索建立以醫院管理委員會為核心的公立醫院法人治理結構。第三，改革公立醫院補償機制，全面落實政府投入政策，逐步改革以藥補醫機制，扭轉趨利行為。第四，改革運行機制，全面推行人員聘用、崗位管理、績效工資制度，有效調動醫務人員的積極性。同時，改善內部管理，加強監管，優化結構，推進縣級醫院標準化建設。
各級衛生行政部門、醫療衛生機構和廣大衛生人員在深化醫改中承擔著重要的使命和任務，必須認清形勢，履行職責，紮實工作，全力投入到深化醫改的工作中去。衛生部要求，各級衛生行政部門要切實履行職責，要在當地黨委和政府的領導下，積極發揮參謀和助手作用，以中央和國務院的醫改文件為指導，協助制定好當地改革方案，細化和實化政策措施，儘早惠民；加強與有關部門的配合，落實相關政策，努力形成合力；加強監管，嚴格醫療機構、技術和人員準入，規範和完善醫療衛生服務，努力提高服務質量，切實保證醫療安全。同時，各級醫療衛生機構要自覺投入改革實踐。要充分調動廣大醫藥衛生人員的積極性，努力提供人民滿意的服務。
