三峽工程緊急啟動補水調節機制，首次利用水庫調蓄髮揮生態調度作用。據長江水情資料，2006年長江上遊遭遇百年一遇的乾旱，三峽壩址年來水量與多年平均值相比減少三分之一，為1877年有實測資料以來最枯的年份，在進入11月份枯水期後，中下游水位持續退落，對沿江地區人民生産、生活用水造成了很大影響。中國三峽總公司以科學發展觀為指導，統籌兼顧三峽工程發電、航運、供水等各方面的關係，啟動生態補水調節機制，削減三峽水庫庫存水量，對下游均衡補水。

    根據補水方案，當三峽水庫水位高於144米時，加大下泄流量控制葛洲壩下游廟嘴水位不低於38.5米；當三峽水位降至144米後，則按上遊實際來水量下泄。自2006年12月15日開始，累計補水5.9億立方米，三峽水庫水位從155.7米消落至154.8米，有效改善了下游通航水深和航運條件，緩解了長江中下游用水緊張的狀況。隨著初期蓄水目標的實現和今後水位的進一步抬升，三峽工程對長江流域的生態調節將發揮越來越重要的作用。